Ο Χαράλαμπος Μπακιρτζής υπηρέτησε από το 1964 στο Αρχαιολογικό Μουσείο Θεσσαλονίκης, στις Εφορείες Βυζαντινών Αρχαιοτήτων Κεντρικής και Δυτικής Μακεδονίας, Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης. Ως Έφορος Βυζαντινών Αρχαιοτήτων Θεσσαλονίκης ολοκλήρωσε το έργο της αναστήλωσης των μνημείων και της συντήρησης των ψηφιδωτών της Θεσσαλονίκης που είχε αρχίσει μετά τους σεισμούς του 1978. Επίκουρος και αναπληρωτής Καθηγητής της Βυζαντινής Αρχαιολογίας στο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης (1988-1998), διευθυντής του Ιδρύματος Αναστάσιος Γ. Λεβέντης (2011-). Διευθύνει την Ελληνική Αρχαιολογική Αποστολή στον Άγιο Γεώργιο Πέγειας στην Κύπρο, ίδρυσε και διευθύνει το Κέντρο Σύγχρονης Αρχαιολογίας και είναι μέλος της Εταιρίας Λογοτεχνών Θεσσαλονίκης.