Η Κατερίνα Καρούνια σπούδασε Φιλοσοφία στο Πανεπιστήμιο Αθηνών και συνέχισε τις μεταπτυχιακές της σπουδές στην Πολιτική Φιλοσοφία και την Ηθική, στο Université Paris-Sorbonne (Paris IV). Εκπονεί τη διδακτορική της διατριβή υπό το καθεστώς της συν-επίβλεψης, μεταξύ του Πανεπιστημίου Αθηνών και του Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne. Είναι μέλος του Εργαστηρίου Πολιτικής Φιλοσοφίας (ΕΠοΦι) του Πανεπιστημίου Αθηνών.